Der Tour-Debütant aus Kolumbien, der schon die erste Etappe für sich entschieden hatte, gewann am Dienstag über 195 km von La Baule nach Sarzeau im Sprint. Der Belgier Greg van Avermaet blieb im Gelben Trikot.
Auf dem Teilstück in der Bretagne wurde eine vierköpfige Fluchtgruppe 1,2 Kilometer vor dem Ziel eingeholt. Im Massensprint auf der mit vier Kilometern längsten Zielgeraden der diesjährigen Tour setzte sich dann der 23-jährige Gaviria (Quick-Step) vor dem Slowaken Peter Sagan und dem Deutschen Andre Greipel durch.
Olympiasieger Van Avermaet, der am Montag das Mannschaftszeitfahren mit dem amerikanisch-schweizerischen Team BMC gewonnen hatte, verteidigte seine Führung problemlos.
Die beiden Österreicher und Bora-Teamkollegen Lukas Pöstlberger und Gregor Mühlberger kamen mit dem Hauptfeld ins Ziel, Michael Gogl (Team Trek) hatte 2:47 Minuten Rückstand.
Der Franzose Axel Domont stürzte rund sechs Kilometer vor dem Ziel und verletzte sich dabei schwer. Der Profi von AG2R zog sich nach Angaben seines Teams ein Schädeltrauma und ein gebrochenes Schlüsselbein zu. "Sein Bewusstseinszustand ist völlig normal, von da gibt es keine Sorgen", erklärte Teamarzt Eric Bouvat.