Für sein Engagement wurde er nun zum Konsulenten ernannt. Wichtig ist Gernot Krondorfer die Zusammenarbeit mit einschlägigen wissenschaftlichen Einrichtungen, um dadurch zum Schutz des archäologischen Kulturerbes beizutragen.
2001 entdeckte Gernot Krondorfer in Niederkappel Siedlungsflächen der jungsteinzeitlichen Chamer Kultur (3300 bis 2700 vor Christus) nahe der Schlögener Schlinge. Sie gelten als die ersten wissenschaftlich gesicherten Siedlungsflächen aus der Jungsteinzeit im Bezirk Rohrbach.