Der 1965 in Düsseldorf geborene Schafhausen folgt auf den umstrittenen Direktor Gerald Matt, der Ende März nach turbulenten Monaten und Ermittlungen der Staatsanwaltschaft zurückgetreten war. Schafhausen leitete das Künstlerhaus Stuttgart, den Frankfurter Kunstverein und zuletzt das zeitgenössische Kunstzentrum Witte de With in Rotterdam, nebenbei wirkte er zwei Jahre lang als Gründungsdirektor der European Kunsthalle Köln. Als Teil der neuen Doppelspitze der Kunsthalle, an der Seite der kaufmännischen Leiterin Ursula Hühnel-Benischek, erhält er mit 1. Oktober einen Fünf-Jahres-Vertrag.
Schafhausen gehe es darum, sich nicht mit den Skandalen der Vergangenheit herumzuschlagen, sondern die Kunsthalle bekannter zu machen: „Die Kunsthalle macht erste Reihe Programm, sitzt aber in der zweiten Reihe.“
In Deutschland ist Schafhausen als Senkrechtstarter bekannt, der aneckt. Mit Liam Gillick ließ er als Kommissär des deutschen Pavillons 2009 erstmals einen Nicht-Deutschen den Venedig-Auftritt gestalten – was ihm viel Kritik einbrachte. Als Galerist entdeckte er spätere Kunststars wie Olafur Eliasson oder Carsten Höller. In Rotterdam machte er sich für Kunstvermittlung stark, gerade in einer Stadt mit hohem Migrantenanteil. In seinen Ausstellungen und Vorträgen erweist er sich weniger als Diskursfan denn als Verfechter gesellschaftsorientierter Projekte.